苯教也供奉释加牟尼佛,苯教与其他教派一样,以菩提心为根本,使人诚心向善,驱除邪恶,心向和平。
根据苯教历算,藏王聂持赞普3500年前在全藏地区兴建包括孜珠寺在内的37所大型苯教寺庙,孜珠寺当时规模庞大,有上千僧人在寺中修行;十四世纪,在苯教罗邓宁波主持下,又重新修建孜珠寺。
苯教记载,苯教祖师敦巴辛绕以神变方法来到孜珠山,使孜珠山得到加持和发愿,由于这种加持和发愿,使山上不断出现修行极高的上师。在3500年里孜珠山曾出现过82个孜珠上师(指获得超自然能力的活佛),这些上师在长期修行过程中,因为他们的法力在孜珠山石上留下的脚印和手印,现在仍清晰可见。
琼波丁青的三十九族地区成为本教寺庙和最多、影响最大的地区。而孜珠寺是西藏一带现存规模最大、最多、本教仪轨保存最完整的寺庙之一。孜珠寺的本教禅院可系统地讲述本教经典、传授包括神秘而古老的本教无上瑜珈等各种修习方法。 该寺独具特色的不仅有本教的佛事活动,更具特色的鸡年神舞。据了解,这种裸体跳神舞的形式,在整个西藏能恢复的只有孜珠寺。